Он вообще возможен?

Настроил обе базы.
В обоих нажал "Начать" в 8:55.

Сейчас 10:54 прогресс 0%, на вкладке "Журнал" в 2.1 две записи на 3.0 ни одной, в папке обмена одна подпапка "0" - пустая и файл "Start.txt" с содержимым:
"ДокументооборотКОРП
2.1.37.5
2182038
"

а нужно ли вам всё старье тащить в новую базу?

(1) Да, нужно

(0) на файловых не делал, на серверных процесс тоже очень долгий. Потом обе параллельно работающие ДО тормозят безбожно... Поэтому при втором переходе (первый откатили, потому что работать было реально невозможно), в старой базе насильно завершили все процессы, перенесли все в новую и отсоединили их, и запустили уже новые процессы.