Стоит настройка "Не регистрировать счета-фактуры на авансы, зачтенные до конца налогового периода".
Тем не менее, счета фактуры на авансы регистрируются даже если аванс 7 секунд назад.

Куда копать?

(0) Какая разница сколько секунд назад, аванс зачтен?

галочка осталась с прошлых времен, а логика работы шагнула вслед за законодательством, пришел аванс, регистрируется сф

(0) Релиз?
Проверьте договор - там может быть своя настройка регистрации АвСФ.
А мартовская обработка регистрации СФ нормально не видит аванс? Только следующий квартал краснит?
А если отгрузку временно сделать 12-ым числом?