Был захвачен корень хранилища. Созданы новые объекты.
Сейчас нужно это положить в хранилище.
Но так же были захвачены и доработаны предварительно другие объекты.
И они были захвачены, при создании новых.
Как положить в хранилище созданные объекты, не затрагивая захваченных? Что бы они не поместились в хранилище с новыми?

Положи верхний уровень, сними галку "выполнить рекурсивно". Должны положиться только новые объекты и сам верхний уровень.

(1) Понятно попробую.

(1) Верхний уровень, имеется ввиду корень конфигурации?

да