Добрый день хочу получить данные остаток по счету в разрезе субконто. Как это можно сделать?

Если очень хочешь, то нет ничего невозможного! Остатки по счету в разрезе субконто можно получить с помощью соответствующих методов вашей платформы 1с.

Запрос = Новый Запрос;
Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ
    |    ХозрасчетныйОстатки.Счет КАК Счет,
    |    ХозрасчетныйОстатки.Субконто1 КАК Номенклатура,
    |    ХозрасчетныйОстатки.Субконто2 КАК Склад,
    |    ХозрасчетныйОстатки.СуммаОстатокДт КАК СуммаОстатокДт,
    |    ХозрасчетныйОстатки.КоличествоОстатокДт КАК КоличествоОстатокДт
    |ИЗ
    |    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки(&Период, Счет = &СчетУчета, , Организация = &Организация) КАК ХозрасчетныйОстатки";