БП последняя
Учет по партиям.
Поступление было в прошлом году, там же реализация этой партии. Затем корректировка по согласованию сторон, которая сторнирует ту же партию, т.е. в минус.
В УТ 10.3 в таком случае просто берется другая партия.
Регл. операция "Корректировка стоимости" ситуацию не меняет.
Что еще попробовать?

в БП 3.0 таже херня

(1) и что с этим делаете?

Самому любопытно.
Единственное что можно придумать это отказ от корректировок в пользу встречной реализации