Как бы организовать следующую схему- естьприход товара, в нем 2 штрихода - товар и серийник. Как бы с помощью тсд собирать эти данные? В тсд насколько я понимаю есть только поле с одним штрихкодом - товара. Как получать серийник?

тсд - это железо.
в тсд нет поля "с одним штрихкодом". за это отвечает софт.
в самом крайнем случае, когда ничего нельзя сделать и ncl только выполняет сбор ШК - сканируй подряд - шк, серийник, шк, серийник итд.
при загрузке в учетную прогу - разбираешь полученные данные и все.