В типовой БП налоговая амортизация считается от первоначальной стоимости и СПИ. При модернизации (увеличение первоначальной) старый СПИ(полный) продолжает(в т.ч.) накладываться на часть стоимости(которая за счет модернизации), бухи говорят что должен накладываться оставшийся срок использования.

Кто прав 1с или бухи?

вопрос скорее методологический.