Универсальный отчет, на построителе, по регистру остатков, первой записью в группировке по регистратору показывает конечный остаток с пустым регистратором.
Как ее выпилить?

не добавляй регистратор в измерения.

Так надо

В параметрах таблицы ОстаткиИОбороты есть "метод дополнения" кажется или что-то подобное.

(0) ЕМНИП период надо добавить в группировки

(4) А как, добавить его в группировку но не выводить. В СКД "выбранные поля". А в универсальном отчете?

(5) отчет типовой или свой ваяешь на базе универсального?

Типовой. ВедомостьТоварыНаСкладах в УПП.

(7) есть специфика, ЕМНИП не работает группировка по Регистратору без Периода

поэтому и расшифровка типовая называется "Период+Регистратор"