Процедура ЗакрытиеСчетовФР(СтруктураШапкиДокумента). Собственно закрывает 90,91 счета по налоговому учету. И здесь есть следующий код:
Если Выборка.ВидУчета = Перечисления.ВидыУчетаПоПБУ18.НУ Тогда
    СтрокаДвижений.СчетДт                    = ПланыСчетов.Налоговый.ПрибылиИУбыткиБезНалогаНаПрибыль;
    СтрокаДвижений.СубконтоДт.ПрибылиИУбытки = Перечисления.ПрибылиИУбытки.ПрибыльУбытокОтПродаж;
    СтрокаДвижений.СчетКт                    = ПланыСчетов.Налоговый.СальдоПрочихДоходовИРасходов;
    СтрокаДвижений.Сумма                     = - ФинансовыйРезультатНеЕНВД;
Иначе
    СтрокаДвижений.СчетКт                    = ПланыСчетов.Налоговый.ПрибылиИУбыткиБезНалогаНаПрибыль;
    СтрокаДвижений.СубконтоКт.ПрибылиИУбытки = Перечисления.ПрибылиИУбытки.ПрибыльУбытокОтПродаж;
    СтрокаДвижений.СчетДт                    = ПланыСчетов.Налоговый.СальдоПрочихДоходовИРасходов;
    СтрокаДвижений.Сумма                     =  ФинансовыйРезультатНеЕНВД;
КонецЕсли;

В чем смысл и логика перестановки счетов Дт и Кт и смены знака в зависимости от смены вида учета? Спасибо.

Апну, ибо любопытно, а понять не в силах пока.)
В результате в карточке получаем примерно следующую ситуацию:
Дт 99.01 Кт 91.09 1000 НУ    
Дт 91.09 Кт 99.01 -100 ПР

В чем смысл этого маневра?

Почитай про ПБУ 18/02, налог на прибыль - прибыль (убыток).
Смысл в том, что при разном ведении учёта должно формироваться по-разному: убыток или прибыль, признаваться к НУ или к ПР. Найди буха по НУ и спроси

(2) Спасибо за ответ и отсылку к ПБУ. На самом деле все понятно, что есть Ну, и есть ВР и ПР, возникающие при различных условиях. Вопрос вот в чем:

Дт 91.09 Кт 99.01 -100 ПР   - зачем именно так, а не так:
Дт 99.01 Кт 91.09 100 ПР  

В чем смысл подобного финта? Сальдо будет такое же и без отрицательных сумм.

(3) не силён в деталях. может для декларации по налогу на прибыли это не фиолетово)

(3)[Сальдо будет такое же]
декларации важны обороты