Метаданные изменились. Поэтому десериализация не проходит.
Короче - штатное версионирование пригодно только для конфигураций, в которых не меняются метаданные
(на ходу импровизирую)
Сложно, но можно: написать обработку, которая непосредственно перед обновлением конфигурации выгружает все версии из регистра в объекты, а после обновления - прячет в хранилище их опять. Только с системой нумерации для версий нужно "поколдовать" так, чтобы уникальные номера у версий были и помогали возвращать объекты назад на своё "прежнее" место. Может быть цифровые суффиксы задействовать? Надо подумать.
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший