Есть схема xsd, которая ссылается на рядом лежащую схему xsd.
При создании фабрики XDTO на основе этой схемы, пакеты, определенные в  схеме, на которую ссылается наша, не создаются.
Если указывать массив из двух схем, нашей и той, на которую ссылается наша, все ок.
Минус очевиден - чтобы узнать имя файла схемы, на которую ссылается наша, нужно парсить нашу схему.
Правильно я понимаю, что в одинэске не реализовано автоматическое чтение зависимых схем, и нужно изобретать велосипеды?

Не, я всех обманул, в исходной схеме не был указан targetNamespace.
После того, как я руками его добавил, все заработало.