Правильно ли делать обмен движениями без документов которые эти движения совершают. Не вылезут ли где то потом косяки?

(0) движухи без регистраторов - оригинально

(0) прошу прощения, а как они существовать будут?

делайте служебный документ, хотя бы бухоперацию

Неправильно. Вылезут.

при ТИИ такие записи не удалятся?

Ну допустим есть документ Отчет о розничных продажах. У него движение - продажи по дисконтным картам. Я совершаю обмен с кассой где по идее не должно быть этого документа, а только чеки. Но продажи по дисконтным картам быть должны. В принципе это работает.