Подскажите, как правильно завести в ЗУП договор агентирования от имени организации по агенту (+ про учет НДФЛ и взносы), если организация выступает от имени принципала.

так же как и ГПХ?

В ЗУПе учёт отношений с юрлицами не подразумевается. Договор ГПХ заключается с физлицом, а не между организациями.

агент - физ. лицо

получается договор между организацией и ФЛ

(1) Да

(5) спасибо