Макет создается в текущей базе, затем сериализуется во внешнюю.
Все ок. Но при выполнении во внешней базе параметры игнорируются, хотя в макете после сериализации указаны верно.

(0) Отчет при этом формируется?

Это не отчет.
Результаты выходят и в текущей базе и во внешней, параметры запроса отрабатываются только в текущей.

(1) Идет выборка данных, выгрузка в таблицу, и потом сопоставление

(3) Не факт, конечно, но возможно "ИспользованиеПараметраКомпоновкиДанных.Всегда" или руками в наборах данных {&НужныйПараметр} (тут возм. синтаксис не 100% верный, но приходилось когда-то так делать) и этот параметр компоновщик никогда не будет подставлять автоматически.