Выгружаю данные через обмен,надо ли очищать регистрацию  по справочникам,после выгрузки обмена ?

зачем ? ответ придет само очиститься

как понять само очиститься ?

(2) что бы понимать нужно разбираться в предмете

(0) кому надо? мне - не надо. это же твой обмен, твои и порядки.
разумеется, в какой-то момент регистрация перенесенного объекта должна быть удалена. в какой момент и посредством чего происходит удаление - зависит собственно от устройства обмена., которое ты конструируешь.

типовая торговля 10.3 бухгалтерия 2.0

(5) Обработка обмена сама очищает регистрацию.