Нарисова батник с с таким содержимым:
RD /S /Q "%USERPROFILE%\Local Settings\Temp\"
MD "%USERPROFILE%\Local Settings\Temp\"

По отдельности при выполнении каждой строки в cmd все проходит на ура -
сначало удаляю каталог, потом его создаю. Но при выполнении команд через
bat-файл, каталог Temp не удаляется. В чем проблема? Кто в курсе?

Венда пересоздает поди, каталог-то системный

В том то и дело, что батник не убивает каталог. А из командной строки все пучком.

а может попробовать через
del /F /Q "%USERPROFILE%\Local Settings\Temp\*.*"

В таком виде работает, правда еще с ключом /S. Но при этом остаются каталоги.

это хорошо или плохо?

(5) В принципе не так уж и важно.

(с) мумий тролль