Товар.БазоваяЕдиницаИзмерения = Справочники.КлассификаторЕдиницИзмерения.НайтиПоКоду(796); //796- штука
        Товар.ЕдиницаХраненияОстатков = Справочники.КлассификаторЕдиницИзмерения.НайтиПоКоду(796);
        Товар.ЕдиницаДляОтчетов = Справочники.КлассификаторЕдиницИзмерения.НайтиПоКоду(796);
        Товар.Записать();

Сообщить("" + ТипЗнч(Товар.ЕдиницаХраненияОстатков)) ?

наверно
НайтиПоКоду("796")?О_о

ЕХО - это элемент справочника ЕдиницыИзмерения (подчиненного номенклатуре), а не классификатора (обычно так).

(0) 796<>"796"

БазоваяЕдиницаИзмерения Заносится. Две остальные нет.

(5) см (3)

НафНаф, Но как он привязан к номенклатуре ?

У него Владелец - номенклатура.
Обычно при программном добавлении нового элемента справочника Номенлатура создается новый элемент справочника ЕдиницыИзмерения, записывается, его ссылка - в реквизит ЕдиницаХраненияОстатков новой номенклатуры, а ссылку новой номенклатуры - во владельца записанного элемента ЕдиницыИзмерения.