Вот собственно вопрос можно ли как-нибудь сбосить установленную выборку по субконто, например сначало сделал

БухИт.ВыбратьСубконто(1);
Если БухИт.ПолучитьСубконто(1,Субконто1)=1 тогда
  БухИт.ВыбратьПериод();
  Пока БухИт.ПолучитьПериод()=1 Цикл
     //обрабатываем данные
  КонецЦикла;
КонецЕсли;

//теперь нужно получить выборку только по периоду, но проблема в том, что выборка по субконто до сих пор считается установленной

БухИт.ВыбратьПериод();
Пока БухИт.ПолучитьПериод()=1 Цикл
  //обрабатываем данные
КонецЦикла;

Как можно сбросить предыдущую выборку без перевыполнения запроса к бухитогам?

Надо не сбрасывать выборку, а правильно строить запрос

лучше задачу опиши, высока вероятность, что решать её следует не так, как у тебя.

(2) вероятность 100%