Можно ли, как-нибудь в правилах отразить, чтобы не переносились объекты помеченные на удаление? Или надо отдельно по каждому объекту прописывать?

При выгрузке поставь отбор (в обработке выгрузки).

(0) в ПКО можно указать, а можно в ПВД выбрать нужные

(1) это если у него стандартная выборка, то да можно.

Если поставишь условия в правилах, то в новой не будет переноситься пометка удаления на объекты, ранее не помеченные на удаление.