Одна из процедур в конце выполняет такую команду
ЗапуститьПриложение(гКаталог+Док.КомДляЭлНакл.ЗапуститьПриложение);

Запускается батник с таким содержанием
...
FOR %%i IN (*.dbf) DO (

n:\prices\ncftpput  -f n:/prices/Login.cfg -P 20021 -F -DD /267/Naklad/ *.dbf
)
...
т.е. из текущего каталога все dbf отправляется на ftp. Если я вручную запускаю батник из папки, то все ОК, а если через запуститьприложение(), то на ftp выкладываются файлы из текущего каталога 1с, а не из той папки откуда запускается батник. Где грабли?

дык установи текущий каталог в батнике сперва.

у нас так (8.1):
<Текущий каталог> (необязательный)
Тип: Строка. Задает текущий каталог запускаемого приложения.

ФС.ТекКаталог()

(3)-1

либо пиши полные пути, либо (1)

%~d0
cd %~dp0

ВСЕМ спасибо! проблема решена