У меня почему - то регламентная операция закрытие счетов 20, 26 делает проводку дт 90.03 кт 20.01, откуда она берет 90.03 ????

Посмотри регистр накопления Реализация услуг: наверняка увидите счет 90.03 в графе «Счет расходов». Щелкните по нему, и в открывшемся документе исправьте счет расходов на правильный (90.02.1 или  90.02.1). Документ перепроведите.