(0) Стандартный алгоритм восстановления косячной нумерации описан на ИТС
https://its.1c.ru/db/metod8dev/content/1550/hdoc
По сути алгоритм такой:
1. Удалить или перенумеровать все объекты с неверными номерами (кодами).
2. Вызвать функцию ОбновитьНумерациюОбъектов для нужного объекта метаданных.
Последствия и особенности.
Перенумерацию в закрытом периоде тоже придётся делать (в пределах периода нумерации, для документов обычно - год). Естественно лучше без перепроведения (для документов в режиме записи документов "Запись" и ОБменДанными.Загрузка = Истина).
Для исходящих документов придётся перепечатать и перевыдать клиентам.
Альтернатива - жить с кривой нумерацией до конца года. С нового года начать нормальную нумерацию.